El Programa de Magíster en Historia es de carácter académico. Su finalidad es formar investigadores y docentes de alto nivel especializados en los temas que desarrolla prioritariamente el Departamento de Historia.  Con énfasis en las áreas temáticas de la historia sociocultural, económica y política.  En particular, ofrece un espacio de diálogo y profundización analítica sobre las propuestas teóricas e innovaciones metodológicas que orientan en la actualidad el quehacer de la disciplina histórica. Así, los estudiantes se aproximan a las corrientes historiográficas recientes y al aporte de otras ciencias sociales y de las humanidades. 

De esta manera, los graduados del Programa de Magíster en Historia serán capaces de diseñar propuestas teóricas y metodológicas para elaborar proyectos de investigación, participar en en equipos de trabajo en el ámbito de la Historia o las Ciencias Sociales y controlar conocimiento especializado en la historia de Chile y América.