El siguiente artículo recoge un conjunto de reflexiones que son fruto de una experiencia de diálogo de saberes en relación a la temática de educación indígena que nos ha llevado a pensar en el desarrollo de las ciencias sociales. Nos ha motivado el pensar qué hay de particular en la investigación con pueblos indígenas que distinga estas experiencias de otras vinculaciones académicas con territorios, así como qué puede ofrecer la Academia (o la Universidad) a los pueblos indígenas. Para ello, realizamos un breve recuento del marco histórico-teórico en relación al diálogo de saberes y luego reflexionamos sobre la relación entre Academia y comunidades a partir de nuestra propia experiencia, bajo una mirada crítica de algunos de los procesos que se han desarrollado en relación a esta temática en América Latina. Finalmente exponemos nuestra propuesta metodológica de investigación vinculada con comunidades indígenas en coherencia con los principios de la descolonización del saber y la justicia social basada esta última en el reconocimiento, en relación a proponer e impulsar la necesidad de interculturalizar las instituciones universitarias. Lo anterior, con miras a construir espacios académicos realmente dialógicos con las comunidades indígenas que permitan la valoración de distintas racionalidades, formas de ser y estar en el mundo.